研究結(jié)果1.采集3例肺結(jié)核患者和3個(gè)正常人的全血樣品進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測序，篩選發(fā)現(xiàn)170個(gè)circRNA的表達(dá)量發(fā)生了性變化。2.在20例患者中對6個(gè)circRNA的表達(dá)進(jìn)行驗(yàn)證，結(jié)果與全轉(zhuǎn)錄組一致。，差異表達(dá)circRNA在一些免疫通路如MAPK信號傳導(dǎo)通路、中的內(nèi)吞作用通路出現(xiàn)富集。4.構(gòu)建肺結(jié)核中miRNA介導(dǎo)的circRNA-mRNA的相互網(wǎng)絡(luò)，即ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。參考文獻(xiàn)ZhangX,ZhuM,YangR,(69):113571-113582.(IF:)常見問題1.全轉(zhuǎn)錄組測序和circRNA測序建庫區(qū)別是什么？全轉(zhuǎn)錄組測序主要通過去除rRNA，構(gòu)建鏈特異性文庫，測序文庫中保留了mRNA、lncRNA和circRNA的信息。circRNA測序在建庫過程中去除rRNA和消化去除線性RNA，特異富集circRNA。相對于全轉(zhuǎn)錄組測序，circRNA測序建庫可以獲得更多的circRNA信息。2.全轉(zhuǎn)錄組測序和circRNA測序這兩種方案如何選擇？如果希望通過一次測序，獲得更多類型的RNA信息，建議選擇全轉(zhuǎn)錄組測序。全轉(zhuǎn)錄組測序可以獲得mRNA、lncRNA、circRNA三種類型的RNA信息。但由于建庫方式的差異和測序數(shù)據(jù)量的限制，全轉(zhuǎn)錄組測序所獲得的circRNA類型通常比circRNA測序要少。如果研究目的只關(guān)注circRNA，那么建議選擇circRNA測序。對circRNA單獨(dú)測序?？焖俑咝У闹苽銷GS測序?轉(zhuǎn)錄組測序。上?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序分析報(bào)告

聚類分析（Hierarchical Clustering)用于判斷差異基因在不同實(shí)驗(yàn)條件下的表達(dá)模式，因此可以用于根據(jù)樣品的表達(dá)譜進(jìn)行聚類，當(dāng)樣品之間重復(fù)性較好的情況下樣品通常會分在一個(gè)子群內(nèi)，如果樣品間重復(fù)性較差則可能層次聚類會呈現(xiàn)無規(guī)則的聚類形式。此外，還可通過將表達(dá)模式相同或相近的基因聚集成類，從而識別未知基因的功能或已知基因的未知功能，同類基因可能具有相似的功能或共同參與同一代謝過程。除了聚類還可以利用主成分分析的方法將樣品表達(dá)譜進(jìn)行降維處理，在通過其主成分的得分將樣品呈現(xiàn)在二維或三維上?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序分析報(bào)告如果要做轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)找融享生物。

無參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別？按照有參或者無參進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，取決于基因組的質(zhì)量、所研究物種與參考基因組的比對效率。如果所研究的物種有組裝注釋質(zhì)量較好的基因組，并且樣本與該參考的基因組近緣使得的序列比對的效率較高，那么可以采用有參轉(zhuǎn)錄組的分析策略進(jìn)行分析。反之，則需要按照無參轉(zhuǎn)錄組的分析策略的使用例如Trinity等進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本組裝，構(gòu)建的unigene庫，然后進(jìn)行后續(xù)分析。無參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別就在這里，

通過對以上這些實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)因素的控制后通過測序就得到了測序數(shù)據(jù)。我們還需要對原始數(shù)據(jù)(RAW data)進(jìn)行質(zhì)控，包括對低質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)的去除，接頭序列的去除，rRNA序列的去除等。經(jīng)過質(zhì)控過濾后得到的數(shù)據(jù)(clean data)才能進(jìn)行后續(xù)的分析。同時(shí)，也可以通過堿基分布、Q20、Q30、rRNA比例等指標(biāo)初步判斷測序質(zhì)量好壞。至此，我們得到的clean data就可以進(jìn)行真正的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，來解決我們的實(shí)際的生物學(xué)問題了。那么需要經(jīng)過哪些分析流程呢？又可以拿到哪些分析結(jié)果呢？轉(zhuǎn)錄組怎么做就找融享生物。

是否構(gòu)建鏈特異性文庫？另一個(gè)重要的因素就是測序數(shù)據(jù)量的大?。礈y序深度）。但是比較好的測序數(shù)據(jù)量并沒有一個(gè)固定的值，而會因?yàn)槟繕?biāo)轉(zhuǎn)錄組的復(fù)雜度的不同而不同。一些人認(rèn)為5M的mapped reads足夠?qū)D(zhuǎn)錄組中的中度及高度表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行精確定量了。但是對低豐度的轉(zhuǎn)錄本的定量則需要更高的測序深度，而過高的測序深度所帶來的轉(zhuǎn)錄本的噪聲也可能影響定量的準(zhǔn)確性。在對轉(zhuǎn)錄組的整體評估中，飽和曲線可以較好的評估測序深度是否合適。融享生物轉(zhuǎn)錄組測序優(yōu)勢 報(bào)告精細(xì)解讀、極速周期、實(shí)驗(yàn)輔助設(shè)計(jì)，模塊報(bào)價(jià)。上海空間轉(zhuǎn)錄組測序分析報(bào)告

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區(qū)域的大小:比對到該區(qū)域的MappedReads在所有MappedReads中所占的百分比。理論上，來自成熟mRNA的Reads應(yīng)比對到外顯子區(qū)。Reads比對到內(nèi)含子是由于mRNA前體和發(fā)生可變剪切的內(nèi)含子保留;Reads比對到基因間區(qū)是基因組注釋不完善導(dǎo)致的結(jié)果。因此為了更好的驗(yàn)證這些非編碼區(qū)域?qū)RNA的影響，我們將基因間的區(qū)域分為轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游1kb范圍內(nèi)的reads、轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游5kb范圍內(nèi)的reads和轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游10kb的reads;同理轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)下游1kb范圍內(nèi)的reads、轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)下游5kb范圍內(nèi)的reads和轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)下游10kb的reads。上?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序分析報(bào)告