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湖北mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

來源: 發(fā)布時間:2022-03-22

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序具有以下優(yōu)勢:(1)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列、單核苷酸分辨率的準確度,同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題;(2)靈敏度高,可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本;(3)可以對任意物種進行全基因組分析,無需預(yù)先設(shè)計特異性探針,因此無需了解物種基因信息,能夠直接對任何物種進行轉(zhuǎn)錄組分析,同時能夠檢測未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并準確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域。(4)檢測范圍廣,高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍,能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以對任意物種進行全基因組分析。湖北mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念:宏轉(zhuǎn)錄組測序是對某一特定時期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進行高通量測序,直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息,還有微生物的基因表達信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群,那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物,這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動植物等關(guān)系的機制。宏轉(zhuǎn)錄組分析:從以G為單位的高通量測序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步。現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件,能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline,直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進行。南京宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)有高通量、更精確的數(shù)字信號。

什么是轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序?轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理條件下,細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合,包括:mRNA、ncRNA、rRNA等;狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。無參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組的區(qū)別?如果所研究的物種有組裝注釋質(zhì)量較好基因組序列,且和該基因組序列比對效率較高,那么可以采用有參轉(zhuǎn)錄組的分析策略,直接進行分析。反之,則需要按照無參轉(zhuǎn)錄組的分析策略進行轉(zhuǎn)錄本組裝,構(gòu)建unigene庫,然后進行后續(xù)分析。

RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué):也被稱為整個轉(zhuǎn)錄組鳥測序(wts)。RNA-seq包含三個步驟:測序文庫的建立,在特定平臺中測序和生物信息學(xué)分析。RNA-Seq是一種基于NGS技術(shù)的新的轉(zhuǎn)錄分析方法。采用NGS技術(shù)對從感興趣的RNA樣本序列反轉(zhuǎn)錄得到的cDNA進行測序。簡而言之,就是對剪切變體、轉(zhuǎn)錄后RNA編輯、內(nèi)含子表達水平和特定等位基因的表達情況進行定性和定量分析。RNA-Seq原理:在對基因組測序和分析研究的同時,復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組研究也普遍發(fā)展起來。利用高通量測序技術(shù)平臺分析轉(zhuǎn)錄組的結(jié)構(gòu)和表達水平情況,更能挖掘未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本信息,精確地識別RNA的選擇性剪切以及編碼序列的單核苷酸多態(tài)性(SPN),進一步解析復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組信息。轉(zhuǎn)錄組學(xué)無需了解物種基因信息,能夠直接對任何物種進行轉(zhuǎn)錄組分析。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)優(yōu)勢:相比基因芯片和標記的堿基序列的測序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況,還可以揭示未知的轉(zhuǎn)錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉(zhuǎn)錄組測序無需預(yù)先針對已知序列設(shè)計探針,即可對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進行檢測,提供更精確的數(shù)字化信號、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,是目前深入研究復(fù)雜性轉(zhuǎn)錄組的強大工具。鑒于這些優(yōu)勢,RNA-Seq很快就被應(yīng)用到關(guān)于瘤病相關(guān)研究的多個方面。轉(zhuǎn)錄組學(xué)可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本單核苷酸分辨率的準確度。四川circ RNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析價格

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?湖北mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組的概念:宏轉(zhuǎn)錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉(zhuǎn)錄本)的匯合。通過對這些轉(zhuǎn)錄本進行大規(guī)模高通量測序,可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉(zhuǎn)錄組信息。這種技術(shù)不只具有宏基因組技術(shù)的全部優(yōu)點,可以檢測環(huán)境中的活性微生物、活性轉(zhuǎn)錄本以及活性功能進行研究,還可以比較不同環(huán)境下的差異表達基因和差異功能途徑,揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機制,探索環(huán)境與微生物之間的互作機理。湖北mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)

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