蛋白質(zhì)組學(xué)研究策略：蛋白質(zhì)組學(xué)研究主要分為自底向上（Bottom-Up），自頂向下（Top-Down）和自中向下（Middle-Down）三種策略。“自底向上”策略是指通過(guò)分析由蛋白質(zhì)酶解生成的肽段來(lái)鑒定蛋白質(zhì)。當(dāng)應(yīng)用該策略來(lái)分析蛋白質(zhì)組混合物時(shí)，因其類(lèi)似于基因組測(cè)序的鳥(niǎo)管法，所以又被稱(chēng)為鳥(niǎo)管法蛋白質(zhì)組學(xué)（Shotgun Proteomics），該策略依賴于蛋白酶的酶切?！白灾邢蛳隆辈呗砸惨蕾囉诘鞍酌傅拿盖校怯捎诓捎昧肆硗獾拿?，比如OmpT，只能酶切(Lys/Arg-Lys/Arg)，因此酶切之后的分子量較大，更利于后續(xù)的蛋白組裝環(huán)節(jié)。蛋白質(zhì)組具有很高的細(xì)胞和組織特異性，不同的細(xì)胞組織表達(dá)不同的蛋白質(zhì)組。杭州定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

Label Free 非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)優(yōu)點(diǎn)：無(wú)需標(biāo)記，比較大程度的保留樣本的真實(shí)性；可以區(qū)分“有”、“無(wú)”蛋白；不受標(biāo)簽數(shù)量的限制，多個(gè)樣本可以同時(shí)進(jìn)行蛋白定量分析；不同物種和不同的樣本類(lèi)型可以同時(shí)開(kāi)展蛋白定量分析；處理步驟簡(jiǎn)單，成本低。 DIA 定量蛋白質(zhì)組學(xué)：數(shù)據(jù)非依賴性采集(DIA)是一種明顯提升蛋白質(zhì)組學(xué)研究通量和可重復(fù)性的技術(shù)。經(jīng)典的 DIA 流程通常依賴于 DDA 譜圖庫(kù)的構(gòu)建，需要消耗大量的樣品，且周期長(zhǎng)，成本高。越來(lái)越多的不依賴于 DDA 建庫(kù)的分析方法相繼誕生。江蘇定量N糖基化蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法蛋白質(zhì)組學(xué)可以通過(guò)系統(tǒng)性地研究蛋白質(zhì)表達(dá)和翻譯后修飾變化對(duì)疾病的影響。

蛋白質(zhì)組學(xué)定義：蛋白質(zhì)組學(xué)（proteomics），指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究，以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括：組成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)之間的相互作用以及對(duì)蛋白質(zhì)的高階復(fù)合物結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法主要有：蛋白質(zhì)雙向電泳、氨基酸序列測(cè)定（包括N端測(cè)序和C端測(cè)序）、質(zhì)譜、生物信息學(xué)。

蛋白組學(xué)常見(jiàn)研究模式主要有兩種：1.通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)尋找疾病發(fā)生的發(fā)展的新型標(biāo)志物；2.結(jié)合其它組學(xué)建立疾病或者研究主題的表達(dá)譜和分子機(jī)制。蛋白質(zhì)組學(xué)( proteomics) 是指系統(tǒng)研究某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)，包括組成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)的氨基酸序列，蛋白質(zhì)的豐度，蛋白質(zhì)的修飾以及蛋白質(zhì)之間的相互作用。蛋白質(zhì)組和基因組( genome)在概念上有相關(guān)性，表示某一個(gè)蛋白質(zhì)組的蛋白質(zhì)是由基因組所編碼的，然而蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)在研究對(duì)象和研究方法上有很大的區(qū)別。蛋白質(zhì)組研究是為了識(shí)別及鑒定一個(gè)細(xì)胞或組織所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)以及它們的表達(dá)模式。

PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)原理：PRM技術(shù)是一種根據(jù)已知實(shí)測(cè)信息或質(zhì)譜檢測(cè)規(guī)律的假定信息對(duì)樣品中的蛋白質(zhì)進(jìn)行靶向定量的技術(shù)。該技術(shù)主要應(yīng)用儀器為Q Exactive系列質(zhì)譜儀，首先以四極桿作為質(zhì)量過(guò)濾器，特異性地選擇與預(yù)先設(shè)定質(zhì)荷比相同的肽段離子（母離子）通過(guò)，隨后在高能碰撞池中碎裂母離子，之后通過(guò)Orbitrap分析碎片離子（子離子）得到肽段的二級(jí)質(zhì)譜信息。四極桿的高選擇性離子過(guò)濾與Orbitrap高分辨率測(cè)量技術(shù)的結(jié)合使得PRM技術(shù)有很高的特異性，并且有效的降低了背景噪音，去除了干擾離子，提高了靈敏度。定量蛋白質(zhì)組學(xué)是蛋白質(zhì)組研究的重要內(nèi)容。杭州定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

蛋白質(zhì)組意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”，即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。杭州定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)

PRM靶向蛋白質(zhì)組學(xué)：是一種基于Orbitrap為表示的高分辨、高精度質(zhì)譜的離子監(jiān)視技術(shù)，首先利用四級(jí)桿質(zhì)量分析器的選擇能力，用Q1選擇目標(biāo)肽段的母離子，隨后在collisioncell中對(duì)母離子進(jìn)行碎裂，然后利用Orbitrap分析器在二級(jí)質(zhì)譜中檢測(cè)所選擇的母離子窗口內(nèi)的所有碎片信息。這樣能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白質(zhì)、目標(biāo)肽段（如發(fā)生翻譯后修飾的肽段）進(jìn)行選擇性檢測(cè)，即可對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行相對(duì)(一定)定量。從而實(shí)現(xiàn)對(duì)復(fù)雜樣本中的目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行準(zhǔn)確地特異性分析。杭州定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)服務(wù)