轉錄組測序推薦的測序數(shù)據量？轉錄組測序所需數(shù)據量與所研究物種的基因組大小有關，基因組越大，則所需數(shù)據量越大。按照我們的經驗來說：常規(guī)物種一般建議6G數(shù)據即可；基因組較大的物種推薦8G以上數(shù)據，比如：小麥建議10G數(shù)據起，甘蔗、甘薯建議至少8G數(shù)據。轉錄組測序必須做生物學重復么？需要幾個重復？生物學重復是生物實驗所必須的，轉錄組測序也不例外，至少3 次生物學重復。準備生物重復樣品時，通過對實驗的預先設計和控制，盡可能將與實驗處理無關的背景條件控制在同一水平，減少批次效應對結果的影響。轉錄組學可應用于疾病標志物篩查、疾病的診斷和分型、疾病復發(fā)診斷。杭州全轉錄學組技術分析

轉錄組學應用領域：海洋水產：生長發(fā)育機制，漁業(yè)資源，漁業(yè)環(huán)境與水產品安全等；微生物：致病機理，耐藥機制，病原體-宿主相互作用研究等；生物醫(yī)藥：生物標志物，疾病機理機制，疾病分型，藥物開發(fā)，個性化醫(yī)治等；環(huán)境科學：發(fā)酵過程優(yōu)化，生物燃料生產，環(huán)境危害風險評估研究等；食品科學：食品儲藏及加工條件優(yōu)化，食品組分及品質鑒定，功能性食品開發(fā)，食品安全監(jiān)檢測等。轉錄組是特定發(fā)育階段或生理條件下細胞內的完整轉錄信息的匯合，表示了基因表達的中間狀態(tài)。江蘇全轉錄學組研究廣義轉錄組學是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉錄和加工的RNA分子。

RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據自己進行后續(xù)的生信分析（質控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關系?；蚍诸悾赫业郊毎禺?，疾病相關，處理相關的基因表達模式，用于診斷疾病和預測等。基因網絡和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。

單細胞轉錄組關鍵步驟：單細胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細胞。轉錄本的捕獲和擴增：RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA，捕獲效率10%（5-20%），DNA測序需要1ngDNA，極限稀釋加移液分離單細胞；顯微操作分選單細胞；流式分選帶有表面Marker的單細胞；激光切割實體組織；微流控技術；磁珠捕獲，主要用于CTC。它的一個優(yōu)點是可以結合流式細胞熒光分選（FACS,fluorescentactivatedcellsorting）根據表面Marker分選細胞。因此特別適合分選細胞子集用于測序。它的另一個優(yōu)點是可以獲得細胞形態(tài)全覽圖，提供另外一個維度的信息，可用于鑒定微孔中是否有損傷的細胞或雙份細胞，主要缺點是通量低且每個細胞所需的工作量相當大。轉錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。

轉錄組學測序類型：1.根據RNA種類：可以分為mRNA測序，SmallRNA測序，LncRNA測序、CircRNA測序、全轉錄組測序等。2.根據物種特點：比如真核生物或者原核生物，是否有參考基因組，測序平臺的不同，分為真核有參和無參轉錄組測序，原核轉錄組測序，全長轉錄組測序等。3.根據相互關系：分為互作轉錄組，比較轉錄組等等；此外，基因組甲基化會影響到基因的轉錄調控，也屬于轉錄調控測序范疇；還有用于研究轉錄因子與DNA的交互作用或組蛋白修飾在基因組上的分布的ChIP-Seq，研究RNA與蛋白互作關系的RIP-Seq，以及研究RNA甲基化的MeRIP-Seq等。宏轉錄組學以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題。mRNA-seq轉錄組學研究內容

轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。杭州全轉錄學組技術分析

單細胞轉錄組關鍵步驟：單細胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細胞。轉錄本的捕獲和擴增：RNA測序需要0.1-1.0ug total RNA，捕獲效率10%（5-20%），DNA測序需要1ng DNA，極限稀釋加移液分離單細胞；顯微操作分選單細胞；流式分選帶有表面Marker的單細胞；激光切割實體組織；微流控技術；磁珠捕獲，主要用于CTC。單細胞轉錄組學基本概念：普通轉錄組的思路也可以應用到單細胞轉錄組。普通轉錄組相當于把一群細胞混合到一起去提取RNA，獲得的是每個細胞中RNA表達量的平均值。單細胞是把每個細胞單獨分出來去提取RNA，然后建庫測序，獲得是是單個細胞的表達值。在每個細胞里面基因的表達具有隨機性，且存在異質性。杭州全轉錄學組技術分析