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外泌體轉(zhuǎn)錄組學研究方法

來源: 發(fā)布時間:2022-01-19

全轉(zhuǎn)錄組測序為什么需要構(gòu)建兩個文庫?全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個測序文庫,一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫,然后分別上機測序。小RNA長度較短,一般小于50nt,采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,通常在1000以上,可達幾萬,通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學測序樣品純度要求,電泳檢測28S:18S至少大于1.8。外泌體轉(zhuǎn)錄組學研究方法

普通轉(zhuǎn)錄組學測序適用于哪些情況?普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類:一是不同的生長階段或者發(fā)育過程;二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學測序必須做生物學重復么?需要幾個重復?生物學重復是生物實驗所必須的,轉(zhuǎn)錄組測序也不例外,至少3次生物學重復。準備生物重復樣品時,通過對實驗的預先設(shè)計和控制,盡可能將與實驗處理無關(guān)的背景條件控制在同一水平,減少批次效應(yīng)對結(jié)果的影響。轉(zhuǎn)錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?我們通常所講的轉(zhuǎn)錄組測序只能測到mRNA。但是全轉(zhuǎn)錄組測序通過構(gòu)建兩個測序文庫(一是小RNA測序文庫、二是lncRNA測序文庫)是可以測到以上4種RNA的。山東RNA轉(zhuǎn)錄組學分析鑒定轉(zhuǎn)錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科。

全轉(zhuǎn)錄組測序:狹義的轉(zhuǎn)錄組默認只包含mRNA,但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,其中包含mRNA和非編碼RNA(non-codingRNA,ncRNA)。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA(以miRNA為表示),長鏈非編碼RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)和環(huán)狀RNA(circularRNA,circRNA)上,而這幾類ncRNA的調(diào)控對象都和mRNA有關(guān)。因此,全轉(zhuǎn)錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉(zhuǎn)錄組測序即對以上四種ncRNA進行測序,并分析這四者之間復雜的相互作用關(guān)系。

轉(zhuǎn)錄組學測序結(jié)果的影響因素?RNA的降解嚴重影響測序的質(zhì)量,RNA降解后,加入poly-A后無法捕獲純化mRNA,因此,隨機引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA,導致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產(chǎn)生干擾,影響測序結(jié)果的準確性;同時由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致,實驗前需要對樣本進行均一化處理,否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因,導致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復序列。轉(zhuǎn)錄組學測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?

轉(zhuǎn)錄組學(Transcriptomics),是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科,從RNA水平研究基因的表達情況。轉(zhuǎn)錄組測序是通過二代測序平臺快速全方面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列,可以用來研究基因表達量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和預測新的轉(zhuǎn)錄本等等。轉(zhuǎn)錄組(transcriptome),是指特定生長階段某組織或細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,狹義上指所有mRNA的匯合。轉(zhuǎn)錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組學測序可以同時測到mRNA、lncRNA、micRNA以及circRNA么?貴州全轉(zhuǎn)錄學組分析價格

轉(zhuǎn)錄組學包括:mRNA、ncRNA、rRNA等。外泌體轉(zhuǎn)錄組學研究方法

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