蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學研究案例：2021年12月30日復旦大學附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創(chuàng)新中心高大明研究員、復旦大學附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、微生物組學研究方法對262例肝內膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁組織進行了分析，通過繪制肝內膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發(fā)病機制、分子分型、預后等提供了寶貴的資源。蛋白質組學,修飾蛋白質組,蛋白·修飾·代謝。廣東差異蛋白組學與基因相結合
定量蛋白質組學研究：2022年2月，上海市農業(yè)科學院食用菌研究所鮑大鵬研究員課題組在《FrontiersinMicrobiology》期刊發(fā)表的題為“OxidativeStressandAutophagyAreImportantProcessesinPostRipenessandBrownFilmFormationinMyceliumofLentinulaedodes”的研究成果，通過iTRAQ標記定量蛋白組學、GC-MS非靶向代謝組學等技術對香菇菌絲進行定量蛋白質組學和代謝組學分析，發(fā)現(xiàn)氧化應激和自噬是香菇菌絲后熟轉色重要過程，并對其在蛋白質組和代謝組水平上的分子機制有了新的認識。涉及的歐易/鹿明生物服務產品：iTRAQ標記定量蛋白組學、GC-MS非靶向代謝組學天津蛋白組學和代謝組學蛋白組學專業(yè)客服在線為您答疑 。
作者通過泛素化蛋白組學分析鑒定了茶樹作根中的泛素化蛋白質。中文標題：氮調節(jié)茶樹根中茶氨酸和黃酮類化合物的生物合成：多組學分析揭示的蛋白質水平調節(jié)研究對象：茶樹根發(fā)表期刊：JournalofAgriculturalandFoodChemistry影響因子：5.279發(fā)表時間：2021年9月1日發(fā)表單位：安徽農業(yè)大學運用生物技術：TMT蛋白質組學、泛素化蛋白質組學(其中部分數據分析由鹿明生物提供技術支持)。本文分析了氮缺乏下茶樹根部的茶氨酸和黃酮類代謝，通過蛋白質組和泛素化蛋白質組結合轉錄組數據探索了調節(jié)機制。本文的多組學數據整合分析思路值得借鑒。
并通過蛋白質組學和時間序列分析在血管生成中發(fā)揮著關鍵作用（圖3E）。時間序列分析表明，外出刺激后ICAM1表達增加（圖3F）。此外，當ICAM1在HBMECs中時，血管形成容量***降低（圖3I/j）。這些結果表明M-Exos通過增加HBMECs中的ICAM1的表達來調節(jié)血管生成。蛋白質組學分析發(fā)現(xiàn)的差異表達蛋白與多種神經退行性疾病相關，包括帕金森病、阿爾茨海默病和亨廷頓病(圖6B)。本研究運用蛋白質組學，蛋白質印跡，免疫熒光、免疫組化等分析了源自MSCs的外泌體可以使人腦微血管內皮細胞(HBMECs)保持活躍狀態(tài)，有利于血管生成。應用PD小鼠模型發(fā)現(xiàn)MSCs的外泌體可以促進PD的恢復。結果可以為MSCs衍生的外泌體在PD***方面提供可能性。一站式服務,研究不同生物體在不同時刻/狀態(tài)下蛋白質表達的變化。
iTRAQ蛋白質組學研究實用案例：2021年8月，浙江大學藥學院何俏軍、羅沛華團隊在Autophagy期刊發(fā)表了題為“Autophagic degradation of CCN2 (cellular communication network factor 2) causes cardiotoxicity of sunitinib”的研究成果，通過動物模型、功能實驗、iTRAQ蛋白質組學等研究方法，發(fā)現(xiàn)了舒尼替尼誘導的自噬導致心肌細胞凋亡和心臟功能障礙，探究了舒尼替尼誘導的適應不良自噬通過TOLLIP介導的內體相關通路選擇性降解心肌細胞存活介質CCN2的機理，揭示了調節(jié)心肌細胞死亡的自噬降解新靶標蛋白。為提高基于舒尼替尼的*****安全性提供了方法及理論依據。中文標題：CCN2的自噬降解導致舒尼替尼的心臟毒性研究對象：小鼠發(fā)表期刊：Autophagy影響因子：16.016發(fā)表時間：2021年8月合作單位：浙江大學藥學院運用生物技術：iTRAQ蛋白質組學(由鹿明生物提供技術支持)一文了解DIA、TMT/iTRAQ、傳統(tǒng)Label free蛋白組學區(qū)別在哪。天津蛋白組學和代謝組學
扎根蛋白組學臨床科研基礎研究領域,多年項目服務經驗。廣東差異蛋白組學與基因相結合
隨著美國臨床蛋白質組**分析項目（CPTAC）和中國人類蛋白質組計劃(CNHPP)等大型蛋白質組學研究計劃的推進，發(fā)表了一系列**的大規(guī)模人群多組學分析文章[2,3]。這些高分文章通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、代謝組學、微生物組學等技術，在上百例的病例樣本中***表征了某種**的分子特征。對比這些文章，可以發(fā)現(xiàn)蛋白質組學數據在多組學數據分析中逐漸成為**結果，且蛋白質組學數據分析有些共同特點，即：1）基于蛋白質組進行**分子分型2）分析不同亞型患者的臨床特征3）免疫、代謝、突變、微生物等**領域研究熱點在不同亞型中的差別分析4）篩選亞型特征分子作為預后標志物或潛在的藥靶進行驗證或機制研究該文是樊嘉院士/周虎研究員/高大明研究員/**教授團隊繼2019年Cell發(fā)表的肝細胞*多組學研究后，同樣基于蛋白質組為**的多組學聯(lián)合分析策略，進一步闡釋了蛋白質組學驅動精細醫(yī)學的優(yōu)勢，為**的發(fā)***展機制、分子分型、預后監(jiān)測和個性化***策略提供新思路。廣東差異蛋白組學與基因相結合
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