文章使用TMT標記定量蛋白質(zhì)組學的方法，分析鑒定了差異表達的蛋白質(zhì)，對下調(diào)的蛋白質(zhì)進行基因本體論(GO)分析，顯示下調(diào)參與線粒體電子傳遞鏈（ETC）的途徑富集，證明了TM處理特別影響了具有較高細胞內(nèi)銅水平的SOX2/OCT4+細胞中的線粒體ETC途徑。確定TM介導的銅依賴性線粒體復合物IV失活是SOX2/OCT4+群體中的主要代謝缺陷。研究結(jié)果確定了銅-代謝-轉(zhuǎn)移軸，并強調(diào)了其作為高危TNBC患者的下一代治療方法的潛力。蛋白質(zhì)組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。蛋白質(zhì)組學測序 蛋白組學技術(shù)缺點。浙江口腔蛋白組學

通過磷酸化蛋白質(zhì)組定量鑒定了1244個磷酸化蛋白質(zhì)，其中474個（38%）在**組織中***增加，183個（15%）***下降。三種蛋白亞型中磷酸化蛋白組學的比較結(jié)果揭示了亞型特異性的活性激酶。進一步對差異改變的磷酸化位點的研究顯示，在S-I中觀察到參與黏附的底物升高和參與RNA轉(zhuǎn)運的底物減少。而基于timsTOF Pro離子淌度4D蛋白質(zhì)組技術(shù)，是對蛋白組學+磷酸化組學的雙重升級，可實現(xiàn)快速采集、更高的靈敏度和特異性，**臨床蛋白質(zhì)組學在定性數(shù)量更多、定量更準確、位點鑒定更精確、樣本需求量更低、檢測周期更短等性能上***提升，從蛋白質(zhì)表達和修飾雙重角度更好地發(fā)揮發(fā)掘分子調(diào)控機制、發(fā)現(xiàn)疾病分子分型以及發(fā)掘生物標志物等多重作用。浙江口腔蛋白組學單細胞組學 單細胞蛋白組學 蛋白質(zhì)組學 。

蛋白質(zhì)組學技術(shù)研究案例：作為一種常見的******，脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)在田間或加工和儲存過程中會污染谷物和飼料。DON在動物中會引起厭食和生長遲緩在內(nèi)的一系列不良反應。本文作者使用轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學技術(shù)對鼠C2C12細胞進行了研究，分析DON對成肌細胞分化的影響。研究結(jié)果表明，DON通過下調(diào)細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路來影響成肌細胞的分化。本文研究體現(xiàn)了組學技術(shù)在機制研究中的重要作用。中文標題：霉菌***脫氧雪腐鐮刀菌烯醇通過下調(diào)細胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號通路影響成肌細胞分化研究對象：脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、C2C12細胞發(fā)表期刊：EcotoxicologyandEnvironmentalSafety影響因子：6.291發(fā)表時間：2021年10月發(fā)表單位：中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所運用生物技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學(由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持)、免疫熒光、免疫印跡、PCR

TMT蛋白質(zhì)組學探究案例：2021年9月，安徽農(nóng)業(yè)大學張照亮教授課題組在Journal of Agricultural and Food Chemistry期刊發(fā)表了題為“Nitrogen-Regulated Theanine and Flavonoid Biosynthesis in Tea Plant Roots: Protein-Level Regulation Revealed by Multiomics Analyses”的研究成果，通過TMT蛋白質(zhì)組學和泛素化蛋白質(zhì)組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了氮缺乏條件下茶樹根部響應的差異表達蛋白和泛素化蛋白質(zhì)，為茶氨酸和黃酮類生物合成的調(diào)控提供了新的見解，為茶樹翻譯后修飾調(diào)控次生代謝的研究提供了理論依據(jù)。蛋白組學翻譯后修飾篩選,檢測,鑒定,定性,定量。

蛋白質(zhì)組定量到了10,529種蛋白質(zhì)，磷酸化蛋白質(zhì)組定量到了來自9,832個磷酸化蛋白的62,879個磷酸化位點?；蚪M確定了包括TP53、KRAS、FGFR2、IDH1/2、BAP1、ARID1A和PBRM1在內(nèi)的16個***改變的**驅(qū)動基因（圖1A）。與西方iCCA人群隊列相比，本文隊列顯示出更高的KRAS突變頻率和更低的IDH1、ARID1A和TERT突變頻率（圖1B）。在FU-iCCA隊列中觀察到黃曲霉***和馬兜鈴酸特征（圖1C）。通過比較具有或不具有黃曲霉***特征的所有**的多組學數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)具有黃曲霉***特征的**顯示出DNA修復和細胞周期通路的上調(diào)以及細胞凋亡、***炎癥和免疫通路的下調(diào)（圖1E）。進一步分析顯示，TP53突變與黃曲霉***特征***相關(guān)（圖1F和1G）。歐易鹿明生物基于質(zhì)譜技術(shù),生物信息學方法,提供蛋白質(zhì)組學。山東蛋白組學數(shù)據(jù)分析

蛋白質(zhì)組學-鹿明生物丨歐易生物。浙江口腔蛋白組學

作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達的定量比較，同時進行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非常活躍。為了評估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性，以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。浙江口腔蛋白組學

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