industryTemplate中小樣本篩選, 大樣本中進(jìn)一步驗(yàn)證。陜西cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)專(zhuān)業(yè)服務(wù)

熒光定量法（Methylight）

這種技術(shù)是在MSP技術(shù)上發(fā)展起來(lái)的，在MSP擴(kuò)增過(guò)程中利用熒光染料進(jìn)行定量。TaqMan? 探針?lè)ǖ膽?yīng)用使得該技術(shù)具有更高的精確性。其原理與SNP檢測(cè)類(lèi)似，針對(duì)亞硫酸氫鹽處理之后的DN**段，在甲基化位點(diǎn)上會(huì)存在單堿基的差異，根據(jù)這種差異進(jìn)行探針設(shè)計(jì)，隨后進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR，就能夠檢測(cè)甲基化的差異。這種方法**的優(yōu)勢(shì)在于其高敏感性和較高通量，且無(wú)需在PCR后電泳、雜交等操作，減少了污染和操作誤差。但是TaqMan? 探針訂購(gòu)費(fèi)用較高，適用于少數(shù)位點(diǎn)大量樣本篩選。 上海RRBS技術(shù)服務(wù)售后分析N6-甲基脫氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修飾類(lèi)型之一。

    DNA羥甲基化(5hmC)是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基。Bisulfite-Seq并不能區(qū)分甲基化(5mC)和羥甲基化(5hmC)，實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號(hào)，而通過(guò)氧化亞硫酸鹽測(cè)序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先將5hmC氧化為甲?；揎?5fC)，進(jìn)而被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換為堿基U，實(shí)現(xiàn)DNA甲基化的精細(xì)檢測(cè)。而同時(shí)對(duì)樣本進(jìn)行BS-Seq和oxBS-Seq測(cè)序則可實(shí)現(xiàn)對(duì)5hmC全基因組，單堿基分辨率的檢測(cè)，是羥甲基化檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因組氧化-亞硫酸鹽測(cè)序(WGBS/oxWGBS)得到了肝臟和肺以及配對(duì)**組織的全基因組DNA甲基化和羥甲基化圖譜。在活躍的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集狀態(tài)，而在CpGIsland中則呈稀缺狀態(tài)。對(duì)啟動(dòng)子、基因體和轉(zhuǎn)錄終止區(qū)域的羥甲基化分析，羥甲基化與基因表達(dá)有很強(qiáng)的正相關(guān)，這表明5hmC是活躍基因的標(biāo)記，并且可以在由DNA去甲基化調(diào)節(jié)的基因表達(dá)中發(fā)揮作用。

Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星狀細(xì)胞(HSC)是導(dǎo)致肝纖維化發(fā)生和進(jìn)展的關(guān)鍵細(xì)胞類(lèi)型。DNA羥甲基化與轉(zhuǎn)錄***有關(guān)，其模式在人類(lèi)疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡(jiǎn)化基因組氧化-亞硫酸鹽測(cè)序(RRBS/oxRRBS)檢測(cè)靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細(xì)胞的5mC和5hmC水平，證實(shí)了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉(zhuǎn)分化過(guò)程中的整體變化，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關(guān)鍵步驟，可能會(huì)為支持纖維生成的分子事件帶來(lái)新的見(jiàn)解，并可能為疾病進(jìn)展提供生物標(biāo)志物以及潛在的新藥物靶點(diǎn)。 芯片數(shù)據(jù)如何與二代、三代數(shù)據(jù)整合。

DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇，已經(jīng)越來(lái)越受到研究者的關(guān)注。近些年來(lái)，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動(dòng)植物研究當(dāng)中，同時(shí)在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測(cè)的方法大概有十多種，從應(yīng)用上來(lái)分，大致可以分成兩類(lèi)：全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)。下面，我們就這兩大類(lèi)檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行分析比較，以便于在實(shí)際的科研工作中進(jìn)行選擇。不同的芯片平臺(tái)，各自的實(shí)驗(yàn)過(guò)程也是不一樣的。四川單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢(xún)

CpG島常位于基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)附近。陜西cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)專(zhuān)業(yè)服務(wù)

甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)

通過(guò)熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過(guò)亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會(huì)存在序列差異，這種差異可通過(guò)熔解曲線分析來(lái)發(fā)現(xiàn)。使用該方法進(jìn)行甲基化分析*需一對(duì)引物，相對(duì)簡(jiǎn)單，不過(guò)這種方法對(duì)儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR過(guò)程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術(shù)進(jìn)行甲基化檢測(cè)只能對(duì)檢測(cè)片段整體甲基化情況進(jìn)行分析，并不能明確每個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)。因此這種技術(shù)適用于大量樣本的檢測(cè)，篩選出感興趣的CPG位點(diǎn)，然后利用其他方法進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)的精確檢測(cè)及甲基化程度的精確定量。 陜西cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)專(zhuān)業(yè)服務(wù)