亞硫酸鹽結(jié)合測(cè)序是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”方案。除了全基因組甲基化測(cè)序等研究手段，對(duì)于目標(biāo)基因/位點(diǎn)檢測(cè)或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究來(lái)說(shuō)，需要靈活的靶向甲基化測(cè)序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測(cè)序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個(gè)到上百個(gè)基因/位點(diǎn)的驗(yàn)證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢(shì),***用于臨床大樣本多位點(diǎn)的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗(yàn)證環(huán)節(jié)。微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型，利用RRBS測(cè)序比較正常(n=7)和口服***(n=7)的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)與先天免疫應(yīng)答、吞噬和代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異，并通過(guò)高通量BSP測(cè)序?qū)GFL7、LBP8、PTPRE差異甲基化基因進(jìn)行了驗(yàn)證。 TBS具有高深度、定量、高準(zhǔn)確性 。重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)方案

DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)調(diào)控起著動(dòng)態(tài)的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip，研究人員可以基于單核苷酸分辨率定量檢測(cè)基因組中的850,000多個(gè)甲基化位點(diǎn)。包括FFPE在內(nèi)的多重樣本可以并行分析，以便在每樣本比較低成本的情況下實(shí)現(xiàn)高通量功能。依托業(yè)界**的Infinium實(shí)驗(yàn)分析方法，MethylationEPIC BeadChip是全表觀基因組關(guān)聯(lián)研究(EWAS)的理想之選。它提供了由**精選的***的覆蓋范圍，囊括99%的RefSeq基因，95%的CpG島，高覆蓋度的增強(qiáng)子區(qū)域和其他內(nèi)容類別。由于超過(guò)90%的Infinium HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容都涵蓋在內(nèi)，因此新一代MethylationEPIC試劑盒對(duì)這些位點(diǎn)也完全支持。重慶6mA技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)中小樣本篩選, 大樣本中進(jìn)一步驗(yàn)證。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1、ChIP-Seq 能實(shí)現(xiàn)真正的全基因組分析。目前所能獲得的芯片上固定的探針只能**全基因組部分序列，所獲得的雜交信息具有偏向性。

2、對(duì)于結(jié)合位點(diǎn)分析，ChIP-Seq 通過(guò)尋找“峰”，結(jié)合分辨率可精確到10~30 bp，而芯片上探針由于長(zhǎng)度所限，無(wú)法精確定位，即使目前比較高水平的商業(yè)芯片都無(wú)法提供可與ChIP-Seq 媲美的分辨率。

3、是所需樣本數(shù)量。ChIP-chip 需要多達(dá)4~5 μg?的起始樣本，在雜交之前需要進(jìn)行LM-PCR，但可能導(dǎo)致背景增高，競(jìng)爭(zhēng)性擴(kuò)增等導(dǎo)致假陽(yáng)性。而ChIP-Seq *需要納克級(jí)起始材料，如SOLiD 起始材料可低至20ng。

    cfDNA，cellfreeDNA，就是血液中游離的自身DNA，這些DNA多是從身體的細(xì)胞或者白血球破裂釋放出來(lái)的，基本上都是無(wú)害的，不用多久會(huì)被自身清理掉。不過(guò)值得一提的是，當(dāng)孕婦懷孕的時(shí)候，胎兒的DNA也會(huì)同時(shí)釋放到母親的血液里頭去，這是當(dāng)前火熱的無(wú)創(chuàng)唐氏篩查的基礎(chǔ)。通過(guò)抽取母親的外周血測(cè)序分析其中的游離DNA就可以判斷胎兒是否存在整個(gè)染色體或者大片段DNA的變異。有研究已經(jīng)證實(shí)，**患者外周血中的cfDNA總量，要高于健康人。通過(guò)這一點(diǎn)，雖然不能武斷的說(shuō)cfDNA能成為**標(biāo)志物，但是cfDNA的含量增多，能起到一個(gè)較好的提示作用，作為一個(gè)初篩的手段。基于cfDNA的液態(tài)活檢中，盡管ctDNA在**診斷中的應(yīng)用是當(dāng)下cfDNA*****，研究**深入的分支。但是，cfDNA作為液態(tài)活檢，不只是局限于**學(xué)。例如，有研究報(bào)道對(duì)于接受***移植手術(shù)的病人，可以通過(guò)監(jiān)測(cè)術(shù)后外周血中具有捐獻(xiàn)者基因特征，片段化的cfDNA含量變化，來(lái)評(píng)估移植***的排斥情況。 通過(guò)甲基化數(shù)據(jù)與耐藥基因Panel數(shù)據(jù)聯(lián)合分析。

    甲基化是表觀修飾的重要部分，DNA甲基化可以引起DNA構(gòu)象、穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而影響基因表達(dá)。DNA鏈中含有很多CpG結(jié)構(gòu)，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化，未甲基化的CpG成簇出現(xiàn)在基因啟動(dòng)子**序列或者轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶可以催化CpG的甲基化反應(yīng)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶有兩種，Dnmt1是一種持續(xù)性甲基化轉(zhuǎn)移酶，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈，使其完全甲基化，參與DNA復(fù)制過(guò)程中新合成鏈的甲基化修飾；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶，可以在CpG上產(chǎn)生新的甲基化修飾，首先半甲基化，繼而全甲基化，該甲基化轉(zhuǎn)移酶可能參與細(xì)胞生長(zhǎng)分化的調(diào)控，在**基因甲基化中起到重要作用。近年來(lái)CRISPR/Cas9技術(shù)得到快速發(fā)展，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一個(gè)Dnmt3a，能夠通過(guò)dCas9介導(dǎo)特定位點(diǎn)的甲基化修飾，調(diào)控相關(guān)基因的表達(dá)。 WGBS技術(shù)及應(yīng)用是有力方案。上海RRBS技術(shù)服務(wù)活動(dòng)

DNA異常甲基化與疾病的發(fā)生、發(fā)展有著密切的聯(lián)系。重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)方案

DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇，已經(jīng)越來(lái)越受到研究者的關(guān)注。近些年來(lái)，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動(dòng)植物研究當(dāng)中，同時(shí)在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測(cè)的方法大概有十多種，從應(yīng)用上來(lái)分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)。下面，我們就這兩大類檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行分析比較，以便于在實(shí)際的科研工作中進(jìn)行選擇。重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)方案