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四川技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-24

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿,用ml離心管分裝,例如:1ml/管;放-20℃冰箱中保存(短暫保存,1-2周);放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi));保存期間不能凍融。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸:順豐陸運(yùn)(3-4天時(shí)間),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck采血管(不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管),采集10ml外周靜脈血(客戶沒(méi)有Streck采血管,公司配送);2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上,不超過(guò)8小時(shí),進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min,離心后將上清(血漿)分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞,將上清移入新的離心管中,每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1:血漿分離在4℃條件進(jìn)行,如果客戶沒(méi)有冷凍離心機(jī),也可以在室溫條件下進(jìn)行;備注2:離心后取血漿上清,避免吸取白細(xì)胞;通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 人類基因組有約56M的CpG位點(diǎn),CpG島約3萬(wàn)個(gè)。四川技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1、ChIP-Seq 能實(shí)現(xiàn)真正的全基因組分析。目前所能獲得的芯片上固定的探針只能**全基因組部分序列,所獲得的雜交信息具有偏向性。

2、對(duì)于結(jié)合位點(diǎn)分析,ChIP-Seq 通過(guò)尋找“峰”,結(jié)合分辨率可精確到10~30 bp,而芯片上探針由于長(zhǎng)度所限,無(wú)法精確定位,即使目前比較高水平的商業(yè)芯片都無(wú)法提供可與ChIP-Seq 媲美的分辨率。

3、是所需樣本數(shù)量。ChIP-chip 需要多達(dá)4~5 μg?的起始樣本,在雜交之前需要進(jìn)行LM-PCR,但可能導(dǎo)致背景增高,競(jìng)爭(zhēng)性擴(kuò)增等導(dǎo)致假陽(yáng)性。而ChIP-Seq *需要納克級(jí)起始材料,如SOLiD 起始材料可低至20ng。 山東850K芯片技術(shù)服務(wù)服務(wù)RRBS用于人、哺乳動(dòng)物及魚類方向的高水平甲基化研究。

    Agilent平臺(tái)因?yàn)镸eDIP技術(shù)本身的特點(diǎn),都不能到達(dá)單堿基的分辨率,而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測(cè)技術(shù)卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測(cè)技術(shù)來(lái)源與前期的SNP檢測(cè),采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個(gè)位點(diǎn)特異的探針檢測(cè)這些序列差異的位點(diǎn),一個(gè)探針是為甲基化位點(diǎn)(M磁珠類型)設(shè)計(jì)的,而另一個(gè)是為未甲基化位點(diǎn)(U磁珠類型)設(shè)計(jì)的。探針的單堿基延伸摻入了一個(gè)標(biāo)記的ddNTP,它隨后被熒光試劑染色。通過(guò)計(jì)算甲基化與未甲基化位點(diǎn)的熒光信號(hào)比例,可確定檢測(cè)位點(diǎn)的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個(gè)CpG位點(diǎn)。這款芯片在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有***的應(yīng)用,除了和**相關(guān)的甲基化篩選之外,也能用于其他疾病相關(guān)甲基化檢測(cè)。因此對(duì)這款產(chǎn)品,研究者給予了很高的評(píng)價(jià),目前此產(chǎn)品已停產(chǎn),取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過(guò)45萬(wàn)個(gè)甲基化位點(diǎn),實(shí)現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋。此外,還包括CpG島之外的CpG位點(diǎn),在人類干細(xì)胞中鑒定出的非CpG甲基化位點(diǎn),以及**和正常組織中差異表達(dá)的甲基化位點(diǎn)等等。它的高覆蓋度、高通量以及低價(jià)格。

Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星狀細(xì)胞(HSC)是導(dǎo)致肝纖維化發(fā)生和進(jìn)展的關(guān)鍵細(xì)胞類型。DNA羥甲基化與轉(zhuǎn)錄***有關(guān),其模式在人類疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡(jiǎn)化基因組氧化-亞硫酸鹽測(cè)序(RRBS/oxRRBS)檢測(cè)靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細(xì)胞的5mC和5hmC水平,證實(shí)了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉(zhuǎn)分化過(guò)程中的整體變化,表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關(guān)鍵步驟,可能會(huì)為支持纖維生成的分子事件帶來(lái)新的見(jiàn)解,并可能為疾病進(jìn)展提供生物標(biāo)志物以及潛在的新藥物靶點(diǎn)。 全基因組甲基化測(cè)序是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合。

    全基因組甲基化測(cè)序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序,對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測(cè)“金標(biāo)準(zhǔn)”方案,***用于人、哺乳動(dòng)物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。靈長(zhǎng)類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表).(IF=)靈長(zhǎng)類胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測(cè)序技術(shù),詳細(xì)研究了獼猴早期著床前胚胎7個(gè)階段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化動(dòng)態(tài)變化過(guò)程。******闡明了DNA甲基化動(dòng)力學(xué)的“盈與虧”階段特征,并通過(guò)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實(shí)驗(yàn)表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育。 cfDNA,cell free DNA,就是血液中游離的自身DNA。四川技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

WGBS和RRBS都是金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù), CNS發(fā)表文章都很多,廣發(fā)被接受。四川技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

    WGBS送樣要求一、送樣類型基因組DNA、細(xì)胞、全血、動(dòng)植物組織、FFPE二、保存方式1、基因組DNA、細(xì)胞、全血、動(dòng)植物組織:放-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi));保存期間避免反復(fù)凍融。2、FFPE樣本:室溫保存三、運(yùn)輸條件1、基因組DNA:冰袋或者干冰運(yùn)輸;2、細(xì)胞、全血、組織樣本:干冰運(yùn)輸,順豐陸運(yùn)(3-4天時(shí)間),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰;3、FFPE樣本:室溫運(yùn)輸。四、樣本量要求1、基因組DNA:常規(guī)WGBS,不少于2ug;微量WGBS,20ng1)提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果,例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等;2)提取基因組DNA,要加RNA酶,去除RNA污染;3)提取基因組DNA,溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水;樣本體積不超過(guò)100ul;4)提供Qubit檢測(cè)濃度,基于OD值的檢測(cè)方法,例如NanoDrop,會(huì)嚴(yán)重高估濃度。2、細(xì)胞樣本:常規(guī)WGBS,不少于5x10*6個(gè)細(xì)胞;微量WGBS,5000個(gè)細(xì)胞1)收集貼壁或者懸浮細(xì)胞、使用預(yù)冷的1×PBS,洗滌2次,600g離心5分鐘;2)***一次離心后,盡量去除上清PBS,保留細(xì)胞沉淀;3、全血樣本:2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管,避免使用肝素抗凝管。4、動(dòng)植物組織:動(dòng)物組織,30mg以上;植物組織,不同組織。 四川技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

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