免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）的局限性主要包括：可能檢測不到低親和力和瞬間的相互作用：低親和力和瞬間的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)之間的相互作用可能檢測不到，這可能導(dǎo)致某些重要的相互作用被遺漏。不能確保直接相互作用：免疫共沉淀不能保證沉淀的蛋白復(fù)合物是由直接相互作用的兩種蛋白組成。兩種蛋白質(zhì)的結(jié)合可能不是直接結(jié)合，而可能有第三者在中間起橋梁作用。靈敏度限制：免疫共沉淀的靈敏度不如某些其他技術(shù)，如親和色譜，這可能影響到對低豐度蛋白或微弱相互作用的研究。樣本純度要求高：如果將蛋白復(fù)合物直接進(jìn)行質(zhì)譜分析，需要得到較高純度和濃度的蛋白復(fù)合物樣品，這并非易事，并且成本較高。對抗體要求高：用于免疫共沉淀的抗體不是總是與操作相合適，與Western blotting或者 ELISA相比容易出現(xiàn)假陽性反應(yīng)。免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)步驟主要包括幾個(gè)部分。新疆CoIP-Mass

免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎(chǔ)的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法。是確定兩種蛋白質(zhì)在完整細(xì)胞內(nèi)生理性相互作用的有效方法。當(dāng)細(xì)胞在非變性條件下被裂解時(shí)，完整細(xì)胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來。當(dāng)用預(yù)先固化在agarose beads上的蛋白質(zhì)A的抗體免疫沉淀A蛋白，那么與A蛋白在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)B也能一起沉淀下來。再通過蛋白變性分離，對B蛋白進(jìn)行檢測，進(jìn)而證明兩者間的相互作用。這種方法得到的目的蛋白是在細(xì)胞內(nèi)與興趣蛋白天然結(jié)合的，符合體內(nèi)實(shí)際情況，得到的結(jié)果可信度高。這種方法常用于測定兩種目標(biāo)蛋白質(zhì)是否在體內(nèi)結(jié)合；也可用于確定一種特定蛋白質(zhì)的新的作用搭檔。新疆CoIP-MassCo-IP外源檢測靈敏可控但難模擬體內(nèi)環(huán)境，內(nèi)源檢測真實(shí)但背景復(fù)雜，選擇需權(quán)衡實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?/p>

CoIP-Mass和CoIP-WB優(yōu)劣勢：優(yōu)勢：高通量獲得目的蛋白的專屬蛋白互作庫。劣勢：CoIP的蛋白庫魚龍混雜，包含目的蛋白的直接/間接互作蛋白，非特異結(jié)合，殘留蛋白。常規(guī)理想IP-Mass項(xiàng)目可鑒定到1000-2000個(gè)蛋白，其中絕大部分是非特異性結(jié)合及清洗殘留的背景蛋白，導(dǎo)致CoIP-Mass假陽性高，CoIP-WB驗(yàn)證成功率低，導(dǎo)致研發(fā)進(jìn)展反復(fù)跌宕，時(shí)間和經(jīng)費(fèi)成本占用較大，嚴(yán)重影響士氣。其次，項(xiàng)目受限于蛋白表達(dá)量和IP抗體有效性，達(dá)到理想狀態(tài)的CoIP-Mass較難，同時(shí)分析門檻較高。因此，該項(xiàng)目成功實(shí)施，比較依賴成熟和有分析經(jīng)驗(yàn)的團(tuán)隊(duì)。建議整包交給專業(yè)的服務(wù)商開展檢測。

Co-IP（免疫共沉淀）技術(shù)的基本原理是基于抗原與抗體之間的特異性結(jié)合，從而實(shí)現(xiàn)對蛋白質(zhì)相互作用的研究。在Co-IP實(shí)驗(yàn)中，研究人員使用特異性抗體與目標(biāo)蛋白結(jié)合，形成抗原-抗體復(fù)合物。這個(gè)復(fù)合物隨后被吸附到固化了蛋白A或G的支持物上，由于這些蛋白具有吸附抗體的能力，因此相應(yīng)的抗原分子及其相互作用蛋白質(zhì)也被一同吸附。這個(gè)過程稱為沉淀。接下來，未被沉淀的蛋白質(zhì)通過緩沖液的流洗被去除，確保只有與目標(biāo)蛋白特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)被保留下來。這些被沉淀的蛋白質(zhì)復(fù)合物隨后被洗脫下來，并通過特定的檢測方法進(jìn)行分析，從而證實(shí)蛋白質(zhì)之間的相互作用。Co-IP技術(shù)為深入研究蛋白質(zhì)相互作用提供了有力工具，有助于揭示蛋白質(zhì)的功能和調(diào)控機(jī)制。Co-IP內(nèi)源檢測需注意抗體選擇、實(shí)驗(yàn)條件、樣本處理及驗(yàn)證，確保結(jié)果準(zhǔn)確可靠！

在CoIP（免疫共沉淀）實(shí)驗(yàn)中，對照組的設(shè)計(jì)對實(shí)驗(yàn)結(jié)果尤為重要，陽性對照組設(shè)計(jì)建議如下：1. 已知相互作用蛋白對照組：如果可能的話，使用已知與誘餌蛋白相互作用的蛋白作為陽性對照。這可以驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)條件的可行性，以及抗體和實(shí)驗(yàn)方法的可靠性。2. 設(shè)置過量誘餌蛋白對照組：通過加入過量的誘餌蛋白，可以驗(yàn)證靶蛋白與誘餌蛋白之間的相互作用是否具有飽和性。如果加入過量誘餌蛋白后，靶蛋白的結(jié)合減少或消失，則表明相互作用具有飽和性。免疫共沉淀研究蛋白互作，高特異靈敏，簡便兼容，揭示生物奧秘！新疆CoIP-Mass

Co-IP和ChIP實(shí)驗(yàn)對象有什么區(qū)別。新疆CoIP-Mass

CoIP-Mass和CoIP-WB檢測要點(diǎn)：

試驗(yàn)設(shè)計(jì)：盡量進(jìn)行試驗(yàn)組別設(shè)計(jì)和進(jìn)行生物學(xué)重復(fù)檢測，提高后續(xù)驗(yàn)證的陽性率。常規(guī)過表達(dá)單組（AbIPvsIgGIP）；動態(tài)互作組學(xué)（實(shí)驗(yàn)組vs對照組vsIg組）。根據(jù)目的設(shè)計(jì)適當(dāng)?shù)纳飳W(xué)重復(fù)。如果后續(xù)以CoIP-Mass數(shù)據(jù)進(jìn)行互作組標(biāo)準(zhǔn)分析，則需要3-4組生物學(xué)重復(fù)；如果后續(xù)以尋找關(guān)鍵互作蛋白，進(jìn)行機(jī)制深入研究，則建議1-2次生物學(xué)重復(fù)。經(jīng)驗(yàn)顯示單次重復(fù)假陽性率90%。

蛋白表達(dá)和細(xì)胞量：細(xì)胞用量要求大(2-10e7細(xì)胞量），建議不少于5e7（金標(biāo)準(zhǔn)：320g離心細(xì)胞量50μl，保障項(xiàng)目用量）。低表達(dá)蛋白，建議使用過表達(dá)組進(jìn)行檢測。蛋白表達(dá)可根據(jù)WB結(jié)果或初步根據(jù)數(shù)據(jù)庫判定（ProteomicsDB；HumanProteinAtlas）。 新疆CoIP-Mass